Naturprojektet tager udgangspunkt i en genskabelse af Kongeåens naturlige forløb mellem Vilslev og Kongeåslusen, og hvor mange af de oprindelige, nu afskårne mæandrer, fortsat eksisterer, og er tydelige i landskabet. Med genslygning af Kongeåen på denne strækning vil der ske en væsentlig forbedring af naturforholdene i Kongeåen, samtidig med at åen også bliver væsentligt længere. Ved genslygning og genskabelse af en naturlig dynamik mellem erosion og sedimentation i vandløbet sikres dermed den vigtige fysiske variation mellem partier med rolige strømforhold og partier med hurtigere strøm.
Samtidig med at Kongeåen får genskabt sit naturlige forløb og faldforhold, genskabes også et naturligt sammenspil mellem vandløbet og de omkringliggende arealer, hvor oversvømmelser frit kan brede sig ud i omgivelserne fra vandløbet i forbindelse med høj vandstand og derfra trække sig frit tilbage til vandløbet ved faldende vandstand.
Hele projektområdet vil vokse ind i beskyttet natur, og fremadrettet fremstå hovedsageligt som § 3 beskyttede enge og moser. Forhåbningen er, at med en nøje tilpasset græsning i store fenner, vil der sikres et varieret landskab med forskelligartede og
diverse småbiotoper vekslende mellem store tagrørsarealer, store sammenhængende enge med lav vegetationshøjde, permanente småsøer, varierede vandløbsnære arealer med regelmæssige oversvømmelser, som vil tilgodese snæblens yngel. På den måde
vil projektet også bidrage til, at snæblen i fremtiden kan leve og opbygge en bestand i Kongeåen.
Visse dele udlægges til vild succession uden fastlagt græsning eller anden drift. De hegnes fra de græssede enge og forventes at springe i højstauder og ad åre i pilekrat på de tørre partier samt i udbredte rørskove med specielt tagrør i de partier, hvor der
opnås sjapvand og mere permanente vandsamlinger som i de nordlige dele af områderne.
Disse plantesamfund vil være gunstige for en lang række fuglearter f.eks. sangfugle, mejser, hejrer samt for de beskyttede arter som f.eks. rørhøg, blå kærhøg, rørdrum og til-dels blåhals og plettet rørvagtel. Langt større variation i bredforhold langs åen og
indre dele af engene med større rørskove vil give langt bedre yngle- og fourageringsforhold. Ligeledes vil en øget mængde af føde grundet større variation i landskabet give forbedrede forhold for mange arter.
Variationen i landskabet og overgangszonerne mellem de græssede og ugræssede partier vil give gode fourageringsmuligheder for en lang række fuglearter bl.a. blåhals, sortstrubet bynkefugl, savisanger m.fl.
